A importância da Lagoa de Santo André para a conservação da biodiversidade tem vindo a ser reconhecida ao longo dos últimos anos (RAMSAR, ZPE, Rede Natura 2000), culminando com a sua inclusão na Rede Nacional de Áreas Protegidas (Reserva Natural das Lagoas de Santo André e Sancha) no ano 2000.
Neste contexto, destaca-se a avifauna que nela ocorre, na qual se incluem espécies migratórias e/ou com elevado estatuto de conservação, o que foi determinante para a sua escolha como local de anilhagem de aves ao longo dos últimos 30 anos e de que resultam as séries temporais mais completas que existem em território nacional.

Durante os anos de 2005 e 2006 foi monitorizada a presença de aves aquáticas em vários sectores da laguna. Os resultados obtidos, além dos valores elevados registados para diferentes espécies de aves, confirmam a importância desta área, no contexto nacional, para o Galeirão (Fulica atra).
Ressalta também a presença do Pato de Bico Vermelho (Netta rufina), uma das espécies com estatuto de conservação mais elevado. A distribuição das diferentes espécies pelos diversos sectores forneceu indicações sobre a respectiva importância para os diferentes grupos de aves considerados, quer em termos espaciais, quer ao longo de um ciclo anual (2006). Estes resultados evidenciam ainda a importância de uma monitorização regular da presença de aves na laguna e indicam que a análise cuidada desses resultados poderá fornecer recomendações importantes para a gestão desta área protegida.